Perpustakaan fakultas merupakan perpustakaan yang ada di fakultas-fakultas UIN Jakarta. Perpustakaan fakultas menempati ruang pada gedung fakultas yang bersangkutan. Perpustakaan Fakultas memiliki koleksi yang berkaitan erat dengan bidang ilmu yang dikaji pada fakultas tersebut. Perpustakaan fakultas rata-rata memiliki kurang lebih 9.500 eksemplar dalam bahasa Indonesia, Bahasa Arab, Bahasa Inggris dan bahasa asing lainnya.